補助金の交付決定については、行政処分ではないという理解が一般的です。しかし、補助金交付規則に根拠を持ちますから、行政処分であると考えられます。自治法15条1項を確認してみてください。
 仮に、行政処分ではないとすると、補助金交付の根拠を条例に置いたとしても、返還命令を行うことができなくなります。交付決定が契約の申し込みに対する承諾であるのに、その契約関係を行政処分によって解消できるとする法的な制度設計には、大きな無理があります。
 また、各自治体の行政手続条例は、補助金交付決定が行政処分であるという前提で創られています。適用除外の規定を確認してみてください。